Erhitze in einem mittelgroßen Topf die Butter bei mittlerer Hitze. Gib die fein gehackte Zwiebel hinzu und brate sie 3-5 Minuten lang, bis sie weich und leicht golden ist. Füge den gehackten Knoblauch und den Thymian in den letzten 30 Sekunden hinzu.

Streue das Mehl über die Zwiebel-Knoblauch-Mischung und rühre gut um. Gieße langsam die Milch ein, während du kontinuierlich rührst, um eine glatte Soße zu erhalten. Koche unter ständigem Rühren 1-2 Minuten, bis die Soße eindickt.

Reduziere die Hitze und füge die Hälfte des Gruyère-Käses hinzu. Rühre, bis der Käse geschmolzen ist. Schmecke mit Muskatnuss, Salz und Pfeffer ab.

Schäle die Kartoffeln und schneide sie in dünne, gleichmäßige Scheiben (2-3 mm dick).

Heize den Ofen auf 180 °C vor. Gieße eine Schicht der Käsesoße auf den Boden einer Auflaufform und verteile sie gleichmäßig. Lege eine Schicht Kartoffelscheiben darauf, gefolgt von einer weiteren Schicht Soße. Wiederhole den Vorgang.

Streue den restlichen Gruyère-Käse über die oberste Schicht des Gratins. Backe es 45-60 Minuten lang, bis die Kartoffeln weich und das Oberteil goldbraun ist.

Lass das Gratin 10 Minuten ruhen, bevor du es in Portionen schneidest. Serviere es warm.